Bedingt durch die große Lebensraumvielfalt, durch unterschiedliche Entwicklungsstadien und die Abgeschiedenheit, die für eine Beruhigung entscheidend ist, wird die Auenlandschaft Hohenrode bereits heute von einer ungewöhnlich großen Artenvielfalt geprägt: Im Winter rasten mittlerweile hunderte von Wasservögeln an den Kiesteichen, darunter befinden sich Grau- und Blässgänse, Zwerg- und Gänsesäger, aber auch Schell-, Reiher-, Tafel- und Pfeifenten. Ein eindrucksvolles Bild geben die Silberreiher ab, die hier von Spätsommer bis Frühling als Dauergäste beobachtet werden können.
Auf dem Durchzug halten sich im Frühling sowie im Spätsommer/Herbst regelmäßig Fischadler und Flussseeschwalben in der Auenlandschaft auf. Beide Arten, so das Ziel der NABU-Gruppe Rinteln, sollen hier in Zukunft durch die Bereitstellung von Nisthilfen brüten können. Ein Erfolg dieser Maßnahmen für den Artenschutz ist mehr als wahrscheinlich, da drei der etwa zehn niedersächsischen Fischadlerpaare in lediglich 30 bis 40 Kilometer Entfernung am Steinhuder Meer brüten, welches wiederum zu den bekanntesten Schutzgebieten Niedersachsens gehört. Auch die ‚quirligen‘ Flussseeschwalben brüten stromabwärts der Weser in Nordrhein-Westfalen auf ebenfalls von Naturschützern hergerichteten Flößen. Folglich hat die Ansiedlung der beiden Zielarten durchaus eine realistische Chance in der Auenlandschaft Hohenrode, vorausgesetzt, die Ruhe in der Auenlandschaft Hohenrode kann erhalten bleiben.
Im Sommer brüten bereits Höckerschwäne, Graugänse, Reiher- und Krickenten wie auch Hauben- und Zwergtaucher auf den Wasserflächen oder an deren Ufern. Diese Arten sind vergesellschaftet mit dem Kormoran, der als Gast in der Auenlandschaft Hohenrode weilt und noch ungestört den Fischreichtum der jungen Gewässer nutzen kann.
Auch die Vielfalt unter den Brutvögeln kann sich ohne Weiteres sehen lassen: Auf den zurzeit wenig bewachsenen Flächen brüten Flussregenpfeifer, in den Steilwänden der Kiesteiche hat sich eine große Uferschwalbenkolonie etabliert und auch Eisvögel brüten hier. Die bereits entstandenen Weicholzauenwälder sind die Heimat der in Niedersachsen selten gewordenen Beutelmeise.
In der ausgeräumten Agrarlandschaft um das Gebiet der Auenlandschaft Hohenrode herum finden Säugetiere nur wenige Rückzugsmöglichkeiten. Die mit Gehölzen und Stauden bewachsenen Flächen stellen somit auch Rückzugsgebiete und Versteckmöglichkeiten für Rehe, Feldhasen und Kleinsäugetiere dar. Auch die in der Kulturlandschaft im Bestand rückläufigen Vögel wie Goldammer und Bluthänfling finden hier Brutplätze und Nahrung. Darüber hinaus werden weitere Tierarten die Auenlandschaft Hohenrode für sich erobern: Dabei handelt es sich um zwei besonders charismatische Säugetierarten: Fischotter wurden jüngst unweit der Auenlandschaft beobachtet, welche die Auenlandschaft aller Wahrscheinlichkeit nach bereits für sich gewonnen haben. Auch Biber haben – sich von Süden und Osten her über Fulda, Aller und Leine ausbreitend – das Weserflusssystem bereits erreicht. Es ist nur eine Frage der Zeit, bis Biber in die Oberweser und damit auch in die Auenlandschaft gelangen. Hier können sie sich im günstigsten Fall einen ungestörten Lebensraum erobern, wobei den ‚Landschaftsgestaltern‘ die üppig wachsenden Weichholzauen gefallen dürften.